shebang の行かどうかは、
先頭が#! で開始しているかどうかを調べればいい。

if "%SHEBANG:~0,2%" == "#!" echo SHEBANG!

ただ、一昨日のプログラムでは、
for によって特殊変数に行を読み込んでいたため、
そのままでは文字列の部分比較ができない。
そのため、一度普通の変数に格納する必要がある。

set SHEBANG=%s